西南地区在经济上一直比较落后，在国家的战略版图上的定位，主要是给东部沿海提供低价资源和廉价劳动力以及战时的大后方，相比经济、科技，医疗资源上，西南地区和发达地区的差别没有那么大。
第一档
华西附一院，在西南地区鹤立鸡群的存在，独一档，全国排名第二的医院，按照复旦大学的医院排名，华西附院的科研全国第一，而且进入全国前五的科室最多。
第二档
空缺，本来应该是西南医院，以前在西南地区仅次于华西，但现在排名29，和华西的差距不是一般大，最重要的是王牌专业烧伤科是一个萎缩的专业。随着安全生产的重视，曾经一度热闹的烧伤科已经成为了冷门科室，一些市级医院甚至取消了烧伤科，把它和其他科室合并。
此外，中国最早的肝胆科，第一个康复医学与理疗博士授权点都在西南医院，现在都被华西超越了。
第三档
西南医院，虽然实力下降，但是老底子还是在，吃老本也可以继续辉煌。
四川省人民医院，最近几年全国进步最大的医院，前几年还进不了全国百强，现在已经是30多名了，而且还选上了一位科学院院士。
重庆医科大学附属第一医院，在全国医院排名连华西口腔都比不上，可惜了当年上医打下的好底子。
新桥医院、重医儿科医院、华西口腔医院、华西附属第二医院，这几家医院水平差不多，新桥是综合性的医院，重医儿科、华西口腔是专科方面的龙头。
第四档
大坪医院、昆明医科大学附一院，贵阳医科大学附属医院，贵州省人民医院、遵义医科大学附属医院、西南医科大学附属医院、川北医学院附属医院。大坪和昆医附院要强一些。
第五档
一些比较好的市级医院，比如绵阳、宜宾的市级人民医院，在部分学科上不逊色于第四档的医院，但是相比大学附属医院，长远发展上要受限制。
西南地区的医院总体来说，成都最强，无论是西医还是中医，尤其是华西附一院，在复旦、北大和广州艾力彼公司的排名中，基本都是第二名，重庆次之，重庆在从四川分离之前，医疗实力和成都差不多，但是经过重庆二十多年的自主发展，和成都差距越来越大，举个简单例子，重庆最好的西南医院从前几年复旦榜的十多名，下滑到了29名，与之对应的是四川省人民医院从百名以外上升到了38名。
重庆医科大学是上海医科大学援建的，当年的实力也很强，但自从上医老专家去世和离开后，也是实力逐渐下降。遵义医学院是大连医科大学内迁建设的，但大连医科大学也是上医技术支援的，遵义医学院最强的药理专业。创始人就是上医的教授，老一辈的药理学权威。
中医方面，西南地区的中医代表仍然是成都，近代成都就有唐容川和郑钦安两位宗师级的名医，成都中医药大学附属医院也是中西部地区的中医天花板。
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