在“拳皇99’”的基础上，2000更易操作，强化型援护攻击的导入，在援护攻击方面战术应用显得至关重要。SNK中的历代角色作为援护攻击角色出现，使得拳皇2000可以称得上是SNK游戏中的集大成者。
大会背景：
背叛了NEST·S的K’和马克西马，一直在各地的NEST·S研究所进行破坏，而军方也希望把二人捕获，因此再次举办K.O.F.大会企图引出二人;可是，这一次行动的指挥却不是哈迪伦(Heidern)上校，而是军方的高层”凌”(Ling)司令。
凌司令就是哈迪伦身后的这个人
另一方面，一直留意著NEST·S的动向的草薙京得知今届K.O.F.大会并非由NEST·S 举办，大感疑惑。K’和Maxima在军方派出的特务“Vanessa”的刻意安排下再次以种籽选手的身份参加大会，
巴妮莎Vanessa，军方特务，铁拳辣妹
雷蒙，摔跤手，个性略微逗比，暗恋巴妮莎
而K’和马克西马的前队友红丸和真吾也联同红丸的旧友兼军方的特务“Seth”，和中国传说中的暗杀组织「飞贼」的四天王之一---「麟」组成「红丸队」参赛。NEST·S高层Diana和Foxy对于是次K.O.F.大会的动机感到怀疑，同时也察觉有同等权力权力的Zero有异样的动静;在「K.O.F.大会可能和Zero有关」的推测下， Diana和Foxy派出本是为对抗K’而制作的改造人“Anti K”——Kula Diamond（库拉）欲妨碍K.O.F.大会。
麟，中国河北人，飞贼一族，擅长用毒
就这样各方势力带着自己的目的参与到了KOF2000的比赛中，经过激烈的角逐，大会来到了第五轮，下面的剧情主要以K队为主视角，会穿插部分其他涉及主线的角色剧情
首先如果玩家达成了分数条件，库拉（也就是小BOSS）会在第四轮就提前乱入，此时会出现特殊剧情，首先是音巢的系统被黑，出现故障，然后是神秘人向库拉下达开始行动的命令，并且提到了要对付的人是“克隆零”：
音巢系统被黑
要开始了，KULA
你要破坏掉克隆零的计划
酝酿情绪中...
冰女觉醒了！
然后当和库拉战斗完毕后，会出现特殊剧情：
系统恢复了
似乎是被什么人做了手脚
监视器有拍到部分影像
？：ANTI K DASH呢
玩家：你说什么？
？：没有，我自言自语
然后第五轮的战斗结束之后，也会出现剧情，：格斗家队伍已经进入了比赛区域，K处于中心位置，但是似乎出现了一些偏差...
现在进入决胜局的队伍已经入南镇，目标工厂区域。K DASH在中央位置
和预定的偏差太远了
凌：这个问题不是很大
哈迪伦：这是什么意思？凌？
凌：就是说还在计划之内
这时凌开始慢慢说出了他的真实目的，而哈迪伦自始至终都被蒙在鼓里
凌：把进入决赛的队伍带到升降机里
凌：完了以后一进去就马上开动机器
哈迪伦：用升降机将他们带走？没听说过啊
凌：现在作战指挥权在我手上，你当然不知道了
原来凌已经准备好了卫星兵器——零式加农炮
准备好了发电机的传送后，发射零式加农炮
哈迪伦：连卫星兵器也，为什么呢？
哈迪伦：连卫星兵器也，为什么呢？
哈迪伦表示非常不理解，开始质问凌，然而凌突然撕开了他的面具......
哈迪伦：这次举办KOF就是为了抓住K DASH和MAXIMA，然后找到NESTS的老巢。是吗？啊！
凌：表面上是这样的
反水了
你要做什么？？
凌终于透露了自己的计划，也就是00计划，但是并没细说太多
对于PROJECT 00来说，你只不过是个观众
而主角则是我
下面镜头切换到格斗家的身上，大家来到了大会的最终舞台
玩家：可能没那么简单
然后凌登场，宣布了00计划正式启动
凌：差不多纪念演出可以开始了
这时格斗家们才发现，自己原来身处地下，与此同时凌终于现身了...
玩家：天花板？还有，这什么时候打开的
？：欢迎你们
玩家：你是？
剧情回到之前哈迪伦被挟持的时间点，凌终于表明了自己的身份：
哈迪伦：你到底是谁？
？：我叫做...ZERO！
这时零开始解说起自己和哈迪伦的渊源，他其实就是99时期处死古利查力度的神秘人
克隆零：以前我们见过面，只是你没注意过我罢了
哈迪伦：我想杀掉库利扎里德的也是你吧。还有.......
同时克隆零还杀掉了真正的凌司令，并且取而代之
哈迪伦：你把凌怎么样了？
克隆零：长眠于此了
我是个优秀的伪装者，就是我化装成了凌
克隆零：我也花了很久时间才把他用克隆人取代了
原来此时站在哈迪伦面前的并不是真正的克隆零，而是克隆零的克隆人（有点复杂）
这时哈迪伦开始质问这场KOF的目的
哈迪伦：那么举办KOF是为了什么呢？
然后镜头跳转回格斗家身处的地下密室中，原来是克隆零的本体正在向玩家播放自己的复制体和哈迪伦的录像，同时解释事情的真相...
克隆零：为了得到零式加农炮
克隆零：要发挥零式加农炮的威力，还得吸收格斗家的力量
玩家：那个零式加农炮是什么？
克隆零：对NESTS使用的卫星兵器，召开KOF主要是为了聚集你们,帮助我完成它
原来这个卫星兵器竟然是针对音巢组织自己的，这是一场音巢组织的内乱。面对克隆零的请求，格斗家们果断拒绝，但是...
玩家：谁会和你做这样的事情
丧心病狂的BOSS竟然试射了一发加农炮！
城市遭受毁灭性打击
玩家：你这家伙！
克隆零表示要击倒在场的格斗家，然后把他们的资料传到加农炮上，他准备通过地下的传送装置来实现这一切
克隆零：把你们挨个打败也是有可能的
克隆零：你们是没办法阻止我的，现在把你们的力量传送到ZERO CANNON上吧
地下发射机会使你们战斗时的力量，传送到ZERO CANNON上
这时玩家质问BOSS这是不是音巢组织的目的，然而克隆零却表示这是他自己的行动
玩家：利用我们将这个世界给......
玩家：我想这也是NESTS的目的吧？
克隆零：你们太天真了，新秩序的顶点不是NESTS，而是我！
然后格斗家们决定打败zero，阻止加农炮的发射，最终BOSS战开始
玩家：我会打败你，并组织ZERO CANNON发射的
然后当BOSS被打败之后...
克隆零：你们输了
克隆零：当我按下这个的时候，全部能量都会传送到ZERO CANNON里的。
克隆零：你打败了我也没用
克隆零：你觉得我什么会在哈迪伦那边放置了克隆体呢？
克隆零：你们就在新世界的光芒中说再见吧！
传送机开始有反应了！
原来玩家虽然打败了克隆零，但是因为BOSS留了一手，大家仍不能阻止资料传送到加农炮那里，正在众人绝望的看着BOSS按下按钮之际......
传送机突然停止了活动！
克隆零：这怎么搞的？
克隆零：呃啊！
克隆零：操作错误，怎么会这样
这里会出现分支，如果之前玩家没有和小BOSS库拉交战，剧情是哈迪伦及时站了出来
如果之前玩家见过了库拉，那么剧情是这样的，个人认为这一种是主线剧情，音巢两大高级干部登场！
简直太乱来了
你最好接受事实吧
记住，NESTS不会失败的
镜头一转，卫星炮的位置：
原来是库拉
克隆零：不！！
然后一周之后，哈迪伦视角，他的内心独白：
ZERO CANNON操作错误后，同轨道上的20台加农炮也自爆了。
根据回收的录像来看，虽说只有一瞬间，但那个人好像是那个ANTI K DASH（库拉）
克隆零攻击的目标并不是NESTS的据点
我们进行了调查，但我们发现计划的数据不知被谁夺走了
但有人说，这阵子还存在NESTS，不过这也只是传闻而已
但能确定的是，我们完全输了
因为实际上是音巢自己阻止了zero的阴谋，所以对哈迪伦而言，在和音巢的较量中，确实是输了一局
而且还失去了一条街（好吧，原来加农炮的威力是这种程度）
还有自尊，接下来我该如何面对呢？
好了，以上就是KOF2000的基本剧情，在下一篇文章中，我们会从K等人的视角揭开这起事件的全貌，到底00计划是什么？库拉是如何组织卫星加农的？K在这场骚乱中有什么发现？以及草薙京和八神庵又扮演了怎样的角色？我们下回再见
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